In einem Testament der Göste Clüver aus dem Jahre 1618 wird die erste Orgel für die Kirche in Sottrum erwähnt. Doch bereits 1611 taucht der Name Ulrich als Organist zu Sottrum auf. Eine spätere Orgel stammte aus dem Jahre 1861. Sie wurde von dem Lilienthaler Orgelbauer Rohdenburg errichtet und verfügte über ein Werk mit 17 Registern. Sie hat etwa 100 Jahre mit ihrem Klang die Gottesdienste begleitet, musste allerdings des Öfteren überholt oder repariert werden und wurde 1961 im Zuge der Neugestaltung des Kirchenschiffes abgerissen. Mit Ihr verschwand auch die obere Empore, auf der diese Orgel aufgebaut war.1960 entschloss sich der Kirchenvorstand, gleichzeitig mit der Erneuerung des Innenraumes der Kirche auch eine neue Orgel in Auftrag zu geben, die nun seit 1982 vollendet ist. Mehr als 20 Jahre hat es gedauert, bis die jetzige Orgel, von der Firma Hillebrand in Altwarmbüchen bei Hannover gebaut, vollendet wurde. Das neue Instrument verfügt über 22 Stimmen, verteilt auf Hauptwerk, Brustwerk und Pedal.
